ท่านพุทธทาสภิกขุได้บวชเรียนตามประเพณี เมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม พ.ศ. 2469 ที่โรงอุโบสถวัดอุบล หรือวัดนอก ก่อนจะย้ายมาประจำอยู่ที่วัดพุมเรียง มีพระอุปัชฌาย์คือ พระครูโสภณเจตสิการาม (คง วิมาโล) รองเจ้าคณะเมืองในสมัยนั้น และมีพระปลัดทุ่ม อินทโชโต เจ้าอาวาสวัดอุบล และ พระครูศักดิ์ ธมฺรกฺขิตฺโต เจ้าอาวาสวัดวินัย หรือวัดหัวคู เป็นพระคู่สวด ท่านพุทธทาสภิกขุได้รับฉายาว่า อินทปญฺโญ ซึ่งแปลว่าผู้มีปัญญาอันยิ่งใหญ่

การบวชของท่านพุทธทาสภิกขุเป็นไปตามธรรมเนียม และไม่คิดที่จะบวชไม่สึก ดังที่ท่านปัญญานันทภิกขุอ้างถึงคำพูดของท่านพุทธทาสภิกขุก่อนที่จะบวชไว้ว่า

เรื่องบัญชี บัญน้ำ เก็บไว้ก่อน เมื่อสึกออกมาแล้วค่อยมาทำต่ออีก
ท่านพุทธทาสภิกขุเล่าถึงมูลเหตุการบวชของตนเองไว้ว่า

เท่าที่นึกได้ เท่าที่จำได้นี่ เขาปรึกษากันบ่อยๆ ในหมู่ผู้ใหญ่ อย่างว่าเวลาอามาพบ ก็จะปรึกษากันเรื่องอยากให้บวช ป้า น้า ญาติพี่น้องก็ปรึกษากันอยากให้บวช แต่จำไม่ได้ว่ามีประโยคที่โยมพูดว่าบวชเถอะๆ เรา ตามใจเขา เราแล้วแต่เขา ความรู้สึกรักษาประเพณีมันทำให้เกิดเป็นเรื่องเป็นราวขึ้นมา มันรู้สึกคล้ายๆ กับว่าไม่ครบหรือไม่สมบูรณ์ถ้าไม่เคยบวช มันจึงยินดีที่จะบวช คำสั่งให้บวชหรือคำชี้แจงแนะนำอย่างโดยตรงก็ไม่เคยได้รับ แต่มันรวมพร้อมกัน จากการได้ยินบ่อยๆ ได้รับความรู้สึกบ่อยๆ แปลกเหมือนกัน ถ้าจะเอากันจริงๆ ว่าใครเป็นคนสั่ง ใครเป็นคนรับ ใครเป็นคนแนะนำ มันไม่มี มันนึกไม่ออก ที่ถูกมันเป็นความเห็นพ้องกันหมดว่าต้องบวช ควรบวช แต่นี่มันรู้แน่ ๆ ก็คือความประสงค์อย่างยิ่งของโยม แต่คำสั่งนั้นไม่เคยได้รับ คำขอร้องก็ไม่เคยได้รับ ส่วนความคิดของตัวเองนั้นผมคงเห็นว่าบวชก็ได้ ไม่บวชก็ได้ ตามพันธสัญญาก็จะบวชให้โยม 1 พรรษา คือ 3 เดือน คนหนุ่มสมัยนั้นเมื่ออายุครบบวชก็บวชกันเป็นส่วนมาก[3]
หลังจากบวชได้เพียง 10 วัน ท่านพุทธทาสภิกขุก็ได้รับโอกาสให้ขึ้นแสดงธรรม ในการนี้ท่านได้ปฏิวัติการเทศน์เสียใหม่ คือแทนที่จะเทศน์โดยอ่านจากคัมภีร์ใบลานอย่างเดียว ก็นำเนื้อหาจากหลักสูตรนักธรรมไปประกอบขยายความ ทำให้การเทศน์เป็นไปด้วยความสนุกและเข้าใจง่าย ผู้ที่ได้ฟังจึงติดใจและเพิ่มจำนวนขึ้นเรื่อยๆ ในขณะนั้น พระที่พอจะเทศน์ได้ในวัดล้วนแต่อิดเอื้อนไม่อยากเทศน์ จึงเป็นเป็นโอกาสให้ท่านพุทธทาสภิกขุได้ขึ้นเทศน์ทุกวันในพรรษาเทศน์ และเทศน์ทุกวันพระในช่วงนอกพรรษา ซึ่งท่านพุทธทาสภิกขุก็รักชอบที่จะทำงานนี้

นอกจากการเทศน์แล้ว ช่วงพรรษาแรกท่านพุทธทาสภิกขุยังได้เรียนนักธรรม และเพลิดเพลินอยู่กับการอ่านและเขียนหนังสือ รวมทั้งการคัดลอกและซ้อมแต่งกระทู้ จนทำให้ท่านพุทธทาสภิกขุสอบได้นักธรรมตรีในพรรษานี้เอง กิจวัตรการนั่งกับที่เป็นเวลานานทำให้ท่านพุทธทาสภิกขุเป็นโรคกระษัย แต่ท่านก็รักษาด้วยตนเองจนหายในพรรษาต่อๆ ไป

นอกจากการเทศน์และการเรียนนักธรรมแล้ว ท่านพุทธทาสภิกขุยังได้เขียนหนังสือพิมพ์เถื่อนลงในกระดาษฟุลสแก๊ป เป็นเรื่องขำขันให้ผู้อื่นได้หัวเราะกันภายในวัด เรื่องนี้ท่านพุทธทาสภิกขุเล่าให้ฟังเอาไว้ว่า

ผมออกหนังสือพิมพ์เถื่อนเป็นกระดาษฟุลสแก๊ป 2 คู่ มันเป็นเรื่องสนุกเท่านั้น เราเขียนก่อนสวดมนต์ต์ตอนค่ำ พอพระสวดมนต์ต์เสร็จ เราก็เอามาให้อ่านกัน เขาอ่านแล้วหัวเราะ วิพากษ์วิจารณ์กัน เรามีความอวดดี ที่จะทำให้คนอื่นเขาหัวเราะได้ รู้สึกว่ามันทำให้เพื่อนสบายใจ จิตมันเป็นบุญเป็นกุศล ไม่ได้คำนึงถึงสาระอะไรในตอนแรก

ขอขอบคุณhttp://th.wikipedia.org